SFBI
Location
Villejuif, Val de Marne | France
Job description
Date de prise de poste : 1 janvier 2024
Big Data Cancer Oncogenetique Mutations germinales
Titre du projet : Description des variantes structurelles de la lignée germinale chez les patients pédiatriques atteints d'ostéosarcome
L'ostéosarcome est la tumeur osseuse maligne la plus fréquente chez les enfants et les adolescents. La susceptibilité génétique germinale à l'ostéosarcome en dehors des syndromes de prédisposition familiale au cancer n'est pas claire. Une étude récente réalisée sur une large cohorte de patients atteints d'ostéosarcome (n=849/974 patients âgés de moins de 20 ans) suggère que 28% des patients atteints d'ostéosarcome présentent des variants germinaux pathogènes dans les gènes de susceptibilité au cancer. (Mirabello L. et al. JAMA 2020).
La biologie de cette tumeur est caractérisée par une instabilité chromosomique, avec un degré élevé de pertes et de gains de chromosomes complets ou de segments chromosomiques. (Moquin-Beaudry G et al. Oncotarget 2023 ; Gaspar N et al. Fac Rev. 2020). La question reste de savoir si certaines altérations structurelles germinales pourraient également être une cause ou influencer le risque d'ostéosarcome. Les variants du nombre de copies (CNV) couvrent entre 5 et 10 % du génome humain et sont responsables de la majorité des variations du génome humain (Abel, H. J. et al. Nature 2020 ; Zarrei et al. Nat. Rev. Genet 2015). Les CNV présentent une variabilité à la fois en taille et en fréquence et peuvent perturber la fonction des gènes de manière significative en modifiant le dosage des gènes, les séquences codantes et la régulation des gènes (Conrad, D. F. et al. 2010). La contribution des CNV germinaux au risque de développer un ostéosarcome reste à explorer.
L'objectif de ce travail est de développer des pipelines bioinformatiques pour décrire les CNVs germinaux à partir des données WES. Cette analyse sera réalisée sur notre base de données de patients atteints de cancers pédiatriques. La base de données est composée de 672 patients pédiatriques inclus dans la cohorte MAPPYACTS (dont 70 ostéosarcomes) et de 150 patients supplémentaires atteints d'ostéosarcomes.
Procédure : Contacts:[email protected]@gustaveroussy.fr
Offre publiée le 14 novembre 2023, affichage jusqu'au 1 juillet 2024
#J-18808-LjbffrJob tags
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