SFBI
Location
Villenave d'Ornon, Gironde | France
Job description
Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterUMR 1332, Biologie du Fruit et Pathologie et MetaboHub·Villenave d'Ornon (France)
FAIR workflows dépôts de données métabolomique métadonnées
INTITULE DU STAGE : Workflows de dépôts de données métabolomiques
Contexte et problématique : La métabolomique constitue une approche de phénotypage très puissante et aujourd’hui mature, appliquée à la fois pour mieux comprendre/caractériser les processus biologiques complexes, mais également en identifier des biomarqueurs associés. Mais cette méthodologie génère des données massives et complexes, nécessitant le développement de stratégies de traitements spécifiques afin d’en extraire des connaissances biologiques pertinentes. Aujourd’hui, le défi à relever est de faciliter la réutilisation des données pour en extraire des connaissances. Le nombre de systèmes de dépôts de données ouverts dans lesquels sont déposés les jeux de données concernant le phénotypage métabolique est encore limité mais en croissance. Le partage des métadonnées caractérisant à la fois les phénotypes mais également les données métabolomiques elles-mêmes, et leur standardisation est notamment un élément clé nécessaire à la réutilisation des données et les comparaisons inter-études.
Objectifs généraux du stage / Résultats attendus : L’objectif de ce stage est de mettre en place une stratégie de dépôt de données métabolomiques issues de projets de recherche en biologie, à partir d’études preuves de concept dans différents domaine scientifique (santé/nutrition, plantes). Il s’agira notamment de travailler l’harmonisation des métadonnées descriptives, tester les différents dépôts et rédiger un cahier des charges pour automatiser les dépôts à l’aide de workflows informatiques. Le résultat attendu est l’établissement de bonnes pratiques pour le domaine, qui permettront d’exploiter les jeux de données à plein potentiel.
Ce travail est prévu en relation avec le consortium METABOHUB 2.0 financé par le programme Investissement d’avenir.
Environnement et contexte de travail : Le stage sera réalisé au sein de l’UMR 1332 (Biologie du Fruit et Pathologie) à Bordeaux et co-encadré par la Plateforme d’Exploration du Métabolisme de l’INRAE de Clermont-Fd/Theix, deux plateformes membres de l’infrastructure nationale en métabolomique MetaboHUB. En particulier, le ou la stagiaire interagira avec les statisticiens et bioinformaticiens des plateformes ainsi qu’avec les personnes responsables de la génération des données. Il ou elle utilisera notamment les bases de données et systèmes d’informations des équipes.
Compétences souhaitées:
Connaissances : Bioinformatique et Bioanalyse
Compétences opérationnelles : Être capable de travailler à l’interface de groupes de recherche de disciplines scientifiques complémentaires (bioinformatique, data sciences)
Langues : Français/Anglais
Rigueur, autonomie, organisation
Curriculum vitæ et lettre de motivation à adresser conjointement à:
[email protected] + [email protected]
Procédure : Envoyer un mail avec CV et lettre de motivation à Sylvain Prigent ([email protected]) ainsi qu'à la Plateforme d'Exploration du Métabolisme ([email protected])
Sylvain Prigent et Plateforme PFEM
Offre publiée le 6 décembre 2023, affichage jusqu'au 1 avril 2024
#J-18808-LjbffrJob tags
Salary
